Vega retorna a la institución que lo vio nacer como futbolista, donde debutó en enero de 2012, y a la que ha estado vinculado desde los 13 años, cuando se integró a las Divisiones Menores del club. Durante su primera etapa en Saprissa, Deyver logró coronarse campeón nacional en tres ocasiones, contribuyendo a la obtención de los títulos número 30, 31 y 32 del club, además de levantar un Torneo de Copa.